我的朋友是否犯罪

我的朋友是一家保健品公司的销售主管，他负责各个药房的销售，通常情况下药店给他们公司结帐后他们公司都会给药店的经理一些回扣（就是好处费），这些回扣他们公司内部有张登记表，上面记载这某年某月某日给某药店经理多少钱，但是财务上是做为经营费用处理的。我的这个朋友从中私扣了部分回扣没有给对方药店经理，现在他已从这个公司辞职。由于公司没有给他支付最后一个月工资，他还私扣了2000多元的货款。请问，如果单位起诉他，他会有什么样后果？谢谢！！！