民工收工下车时摔伤，该医疗费用是由谁承担

我父亲带领一帮工人做高速公路路面翻新工程，下班收工回住所，最后一名工人下工程车时，从车子旁边挡板处掉下摔伤（之前以有20多名工人下车了）。当时没有做工伤鉴定。（2004年5月份出事的）医疗费用花了1万多块钱。 2004年年底工资结算的时候，公司就扣了1万多块钱的工资说是今年给。前段时间我父亲再去要的时候了，公司把这比医疗费用算在了我父亲的身上。工资是按平方算的，不含保险和误工等。（公司也没有给工人买保险），我父亲从每平方中提取酬劳。父亲与公司有签定劳动合同。 我想知道公司扣我父亲的工资合不合理？这比医疗费用该由谁来支付？ 可以申请仲裁吗？还是按民事案件处理？该怎么超做？ 谢谢！