房屋买卖问题咨询急！

大律师：您好！ 本人单位前任领导于1997年与甲房产开发商签订了一份协议，本意是想买约400m2办公用房，但协议的形式不是购房协议，而是与甲开发商的共同开发协议。协议的大致内容：1）双方共同开发某综合楼；2）甲开发商负责开发相关的手续；3）我单位的投资以约400m2面积房屋作为回报。1998年房屋建成，我单位按协议支付了价款的90％后拿到了房屋的钥匙，并进住使用，开发商出具了收款收据。由于甲开发商未办理该楼地皮的土地征用手续，所以房产证、土地证办不下来，我单位一直实际在使用该房屋。 2000年甲开发商以该楼房为抵押物向本地某银行贷款，银行信贷员在未核实抵押物的情况下发放了贷款。贷款过程的事前、事后我单位一直不知情。 2002年甲开发公司被乙开发公司并购，甲开发商的债、权转至乙开发商。由于开发商未归还银行的贷款，银行把乙开发商告至法院。法院受理此案后来了2位法警，本意是要查封我单位在使用的房屋，了解了情况后就走了，之后也一直未与我单位有任何接触。 2005年法院委托本地某拍卖行将该楼房拍卖了，拍卖前曾在外地（省城）一小报上刊登过启事，拍卖过程的事前、事后我单位一直不知情。现该楼房已被一个人买下，并取得了房产证，今天下午拍卖得主来到我单位申明他是该楼房的主人。 请问：我单位该如何保护自己的权益？