自动离职考研，单位不给档案是否合理

各位律师好： 我是2002年大学毕业签到一国营企业的（签了5年合同，但是我上班一年半期间一直没有合同在手，单位说怕我们弄丢给我们代为保管），后因个人发展需要就于2004年2月假期（探亲假）未满就离开原单位，我离开时候只和我的直接领导打过招呼，并没写辞职报告，也没有拿档案。今年1月我参加了研究生考试，4月3号被报考学校拟定录取，并收到“拟录取通知书”。4月7日，我拿着调档函到原单位要档案，管档案的组织科领导告诉我厂里有规定，像我这种自动离职的员工，一是已经除名，二是档案厂里是不给的，给违约金也不行。 请问，单位已经给我除名还扣押档案是否合理？！单位不给合同是否违法，合同是否生效？！我应该怎么样才能拿到我的档案去上学？！谢谢解答！