现在该怎么办

一朋友因肠穿孔住院，医院做胃切除手术时撕破脾脏，在未告之患者及家属时切除了脾脏，后发生纠纷，经医学会鉴定，构成三级甲等医疗事故，院方负轻微责任，患者未在15日内提出书面重新鉴定申请，后向法院起诉，并申请法院依司法程序就医疗责任、伤残等级、后期治疗费进行鉴定，法院依司法鉴定程序由法医做出了鉴定，院方在医疗事故中承担主要责任、6级伤残、后期每月500元，庭审时，院方提出依照2003年20号最高法院解释，法院无权依司法鉴定程序对医疗事故进行鉴定，只能委托医学会进行医疗事故鉴定，请问，法院依司法鉴定程序由法医做出的鉴定是否有效，我朋友该如何维权，请多指教。