户口和档案的问题

我是2002年从西安毕业的，2002年7月进入广州一家公司，三个月试用期满后，签订了两年的劳动合同，其中有写如果自动离职要交两个月工资作为违约金。同时我的户口调到了公司的集体户口，档案也调到了公司。2003年3月因为一些私人的事情，我离开了公司，没有写辞职申请，算是自离。到现在已有1年10个月了，按当时的合同期限也过了两个月了。其间的一段时间我在其他公司工作，一直没有涉及到户口和档案。现在我想把档案和户口从公司调到南方人才市场，和原公司联系，公司要求我交违约金。但我从网上查到一些资料，好像是说从离职日算起有60天的诉讼期限，如果过了就可以不交违约金。我想问一下我这样的情况是必须交违约金才行还是可以通过其他途径把户口和档案转出来。还有如果要申请仲裁的话要找什么单位？非常感谢