但由于他通过对方单位的某种关系每次拿工程进度款时都以现金支票交易，请问我们应该怎样维护公司的利益

你可以要你们的律师找对方公司去谈，因为合同的主体是你们公司，对方会把钱给你们的。你们公司当然有解除合同的权利，这和你们公司解除其他合同的办法一样，解除合同，你们应该有理由，否则会承担违约责任

从法律上讲，合同主体是你们两家公司，所以你们可以发函或聘请律师发律师函，告知对方将工程款直接支付给你们公司，工程部经理无权接受工程款，否则，你们将通过诉讼的手段要回工程款。需要注意的是，要把发函的证据留下来，有可能在法庭要用。

你好： 你们可以通知或发律师函，纠正对方单位的错误做法，如果对方不改，你就可以依据通知或律师函，通过诉讼要求对方付款，至于对方单位仍然给工程部经理的款，有对方负责。

告诉对方要通过公司结算才行，工程部经理无权受款。

发律师函通知对方