我还需要向单位交纳违约金2万元吗

我是一名去年毕业的科大研究生，毕业后与北京一民营企业签定了工作三年的劳动协议。其中还包括一份单位出具的我也签上名字的约定文件，即：单位为我办理北京市正式户口，我必须为公司工作三年，否则赔偿2万元。在劳动合同上，明明写着单位为我上住房公积金，可单位迟迟没有给我办理，我多次催促，均说不用着急，会为我补办的。就这样一年多的时间过去了（我是2003.5上班的），单位还是没有为我办理，我也才从网上得知，住房公积金是不能补交的。我把这情况说给人事听，他们还仍旧说可以办理，我又打电话问海淀人才也确定了我的答案，不能办理补办手续，况且单位到现在还没有为我办理交纳公积金手续。我想离开单位，不知我还需要向单位交纳违约金2万元吗？