辞职后违约金怎么算，我这样合理吗

我是中国海运集团上海船员公司的一名船员，我在三月提出辞职，昨天接到公司通知去结算违约金，由于当初从海运学院毕业后进入公司，公司交付海运学院13000元/人，现在要我返还，这我可以接受，另外他通过计算我的四金公司缴的部分让我赔偿9155元，并且说如果按照其他算法可能赔得还要多，我无法接受，当时告诉他我回去咨询一下，当我今天去的时候，他推翻了自己昨天算得结果，又让我赔8000元/人的实习费，可是出示的文件却是03届预分配学生的规定，而我是02届的。并且在我之前辞职的与我同时签订合同的同学辞职时仅仅只赔付了13000和450的考证费用，那么我为什么比他们做的时间长，反而要赔的多？为什么同时进的公司，同样的合同，辞职理由也相似，对待的方法却不同？他说我做的时间越长，对公司的损失越大，这种说法是否对？我想知道到底应该如何计算违约金。谢谢。