该房产证的档案里好象也没有我岳父的什么东西，我是他的出纳人员，后来他以和**公司的协议为证到房管局把原来的房产证作废并办成他自己名字的房产证

因为房产证已办到你的名下，那么法律上就确认了该房产的所有权人属于你，现房管局将你的房产证作废，你可通过法院提起行政诉讼，要求法院撤销房管局的具体行政行为。

在我国,不动产采用的登记制度,一般情况下,房产证能证明房产的所有权人,但相关人可以凭证据诉至法院要求撤销该房产证明,你的情况就是这样,你可以凭你的证据起诉到法院要求撤销房产证明。至于协议虽是你岳父签订的,但据你所讲是你岳父代你签的,你岳父的行为应是代理,不影响你和公司合同的成立。加上你出资的证明,你的案件有很大的胜诉把握。

既然以前的那个房产证不是通过正常程序办的，那么你岳父后来办的房产证也肯定省去不少程序，那么他的房产证也是有问题的。他能把你的证给撤消了，你也可以通过法院要求撤消他的房产证。然后重新认定房产的归属。

多说无益，时机成熟就采取行动吧！说不定，听说你起诉，他就妥协了呢！这种情形我遇到的可不在少数哦！

我认为只要起诉房管局就行了，只要房管局败诉，那他现在的房地产证就是无效的，你原来的才是有效的。

相信你手里应该有原来的房产证，凭此向法院起诉你舅舅和房管局侵权同时提起确权之诉。

相信你手里应该有原来的房产证，凭此向法院起诉你舅舅和房管局侵权同时提起确权之诉。

那些你倒不用理的，房产证是最最直接的证据，除非对方有更充分的证据。

程序问题很好解决，关键确认产权在于证据，建议收集你出资的证据。