并且扣除三个月的工资，厂里应该扣除多少才是合理的，并且我们应该怎样减免自己的损失

员工加班工资的计算根据《劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；等等

在工厂上班的工资一般按照两种方式计算：第一、计时工资制度，是按照员工工作时间计算员工工资，主要包括正常上班工资以及加班费；第二、以完成一定工作内容计算工资称之为计件工资。根据员工完成的产量计算工资数额，但是不得低于当地的最低工资标准

实际中，被单位扣工资，如果是劳动者因自身问题耽误工作，适当扣除部分工资是合法的，当然，不同公司会有不同的规定。