员工辞职公司要扣1000元工资，原因是员工辞职就走了，

建立劳动关系应当签订劳动合同，并且应当及时足额发放工资。未签订劳动合同而辞职时老板又不支付工资的，有以下几种解决途径：和老板协商解决；当地劳动局内设机构劳动仲裁委员会申请劳动仲裁要回工资

如果因为员工突然离职给用人单位造成一定损失的，用人单位是可以要求劳动者进行一定赔偿的。劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任

若劳动者劳动合同中的违约情况，有可能会被扣工资，扣工资是否合法需要结合实际情况而定。