公司以违反5S为理由克扣基本工资，前提是我们有绩效，是否违法

具体要看公司与劳动者之间的约定。法律法规没有明确规定绩效工资的具体发放等问题，所以公司不发绩效工资是否违法，还需要具体看公司关于工资的规定以及与劳动者的约定

除非劳动合同上明确了每月表现奖金的数额或者在实际履行合同中单位一直按固定金额支付该表现奖金，否则单位有权根据表现等调整

若劳动者劳动合同中的违约情况，有可能会被扣工资，扣工资是否合法需要结合实际情况而定。