还要从加班时间里扣，公司这样做可以吗

这个是申请劳动仲裁为好的

你好，可以申请劳动仲裁

用人单位拖欠或克扣工资，劳动者可以向劳动监察大队投诉或者直接申请劳动仲裁维权。维权时应注意收集整理必要的证据，如工作服、工资条、工牌证人等。