DNA分子和蛋白质怎么结合?

请问你是问的DNA和蛋白质之间的关系还是DNA和蛋白质之间相互作用的方式?如果是前者,参看楼上。如果是后者,那么最明显的例子是转录因子。转录因子在细胞质中成为成熟蛋白之后,被转运到细胞核中,形成有功能的蛋白质三级结构,转录因子具有DNA结合结构域和转录激活结构域,DNA结合结构域具有亮氨酸拉链,螺旋-环-螺旋,等等5种主要结构,并依靠这些三级结构,与目的DNA片段识别和结合,这一段DNA片段一般是基因的启动子区,在依靠转录激活结构域,促进RNA聚合酶III的活性,促进转录进行,启动下游基因表达。