我想考第二专业的研究生，和考第一专业的有没有区别

没什么区别。只有个别学校的某些专业，对跨专业考生在复试时提出加试要求，才会有所不同。鉴于你辅修时肯定完成了第二专业的核心课程，因此无论你报考哪个专业，都不应该视作跨专业报考了。所以无论你报考哪个专业，应该是没有两样的。