公司是一家仪器仪表制造企业，2021年购进的研发设备采取加速折旧方式，当年在税前扣除折旧100万元，但在会计上仅计提折旧

根据《国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告》（2017年第40号）规定，企业用于研发活动的仪器、设备，符合税法规定且选择加速折旧优惠政策的，在享受研发费用税前加计扣除政策时，就税前扣除的折旧部分计算加计扣除。因此，你公司税前扣除的折旧100万元，可以按100%的比例计算加计扣除。