我公司是按季度申报的增值税小规模纳税人，3季度销售额为40万元，由于下游企业需要增值税专用发票抵扣，所以我公司就其中15

根据《国家税务总局关于小规模纳税人免征增值税征管问题的公告》（2021年第5号）规定，你公司季度销售额不超过45万元，可以享受免征增值税政策，并开具增值税普通发票。因你公司向购买方就15万元收入开具了增值税专用发票，按照规定，则需要按发票上注明的销售额和适用征收率计算缴纳增值税（即缴纳1500元=15万元*1%）。对于没有开具增值税专用发票的部分收入（25万元=40万元-15万元），仍可以享受免征增值税政策。