病原体突破非特异性免疫的防御后,特异性免疫才发挥作用吗

是的。
病原体连续突破非特异性免疫的两层防御系统后（1皮肤和毛发、汗腺中的乳酸、胃酸等 2淋巴和吞噬细胞等）,特异免疫系统才会发生作用的。
非特异免疫系统是人与生俱来的,且具有广泛性（并非针对某一种病原体）。而特异免疫系统是后天形成的免疫系统（例如由母体继承、人工免疫和基因突变等）,具有特异性。例如：接种过牛痘的人,只获得对天花病毒的免疫力,对其他病菌则没有免疫力。