到底是I can speak it in English.还是I can say it in English.

应该是I can say it in English。
speak 的后面直接加语言,表达为：I can speak English。speak 和语言中间不能再加it 了。
say 强调说话的内容,在这句话中,it 就是说话的内容,表示：我能用英语说它。
或者你可以吧代词it 换成一个名词来理解,比如用it来代替goodbye的话,那么：
I can say goodbye in English 是对的,但I can speak goodbye就是错了。
相信我,我教英语已经十年了!