1.She'd rather stay at home taking care of her younger broth

1 ‘d为would缩写
2 你们老师的说法是对的,having done只能是现在分词的完成时结构,此时不能当动名词用
3 先排除主句I think的影响,从句是 line might have been out of order,不可能对表推测的情态动词进行反义疑问,might have done不是表示对过去的推测吗?还原一下,might表推测,作用相当于又一个I think,即 I think the line was out of order（注意时态）。所以此时的been逻辑上原型应该是was,it指的是the line
4 同3理 You must （肯定,一定）have watered them a lot。用must have done表示对【过去】的推测,此时must的作用就像I think 一样,即,原句等于I think you watered them a lot。对方对从句内容进行肯定
再问： 谢谢，你的回答很完整，我又想到了一个问题，貌似think、believe一类的词组成的宾语从句复合句的附加问句都是对应从句的谓语形式（比如wasn't it?），那么除think这类词外是否有其他的词组成的复合句的附加句是对应主句谓语的，而不是从句的谓语。如果有，请打给我一些例子。
再答： 这些词是一方面，更重要的一方面是主句主语为【第一人称】，也就是只有I think。。。。才对从句反义疑问的，如果是He thinks。。。，那就是对主句 doesn‘t he？认真想一下，“我认为。。。。”如果对主句进行反义疑问的话，逻辑上是不合理的，“难道我不是这么想的吗？”你让对方情何以堪，如何回答？？“我怎么知道你到底咋想的。。。。。。。。。。。” 关键是用第一人称表达自己的想法时，不能对主句进行反义疑问。。。。。 上面那两个追问我也一起给你说了， 1 那having done可以做宾语和表语吗？不可以，说了，这是分词，不是动名词，不具有名词属性，任何名词属性的成分都不能做 2 还有一个问题，介词后一定是ing形式吗 介词后表示“一种行为”一定是动名词，即doing 3那set out to do又是怎么回事？是to do作宾语吗？ 这个out就不是介词，是副词。to do是不定式做目的状语。。。。。。。。
再问： 很感谢，我在语法书上找到了一句话“He was praised for having done a good deal。这是一句例句。这里having done 在介词结构中还是作宾语的吧，而且语法书上的动名词基本形式一栏也有having done，目前我把它确切的理解为只能做非主语外的名词成分，应该没有错吧。
再答： 这个句子不合理啊，have done结构里的have是助动词，助动词加ing变动名词？？让我做的话我会直接用doing a good deal，如果确实存在这个东西，你理解为做介词宾语倒是不错。“我把它确切的理解为只能做非主语外的名词成分”这句话很奇怪，语法上来说，一个名词属性的任何结构如果能做宾语，则一定可以做主语。。。。。。。。。。 有待研究。。。
再问： 那这个问题我明天问下老师再答复你，给你加分好了。很感谢你的回答。
再答： 不用客气，我也找人讨论下having done这个东西去。。。。
再问： 从老师那问来的，having done 可作非主语外的名词性成分。