5月13日A房地产公司与B

根据考试中心的统计分析，以下试题在2019/3/23日招标师考试习题练习中，答错率较高，为：41%
【分析解答题】
[背景材料]
2002年5月13日A房地产公司与B施工企业签订了建设工程施工合同，约定发生争议由C仲裁委员会裁决。2003年4月9日，B施工企业开始进场施工。2003年11月该工程经县建设局办理公开招投标手续，11月21日经县建设工程招投标管理站备案，发出中标通知书，在没有B施工企业报价的情况下，确定B施工企业为A房地产公司开发的“城东2^#住宅楼”中标人
建设规模为5723m²，中标标价为人民币240万元，420元/m²。11月21日14时前到A房地产公司与该公司签订施工合同，双方一直没有按中标通知书重新签订施工合同。A房地产公司从2003年9月至2004年3月给B施工企业拨付工程款共计150万元。2003年11月28日，B施工企业承建的城东2^#住宅楼工程通过了竣工验收。
B施工企业退出施工现场后于2004年5月23日向A房地产公司送交建筑工程结算书，该结算以双方2002年5月13日订立的建设工程施工合同为依据，扣减甩项项目，增加新增项目，结算价为2776068.25元。然而A房地产公司在审查B施工企业的建筑工程结算书时有异议，认为双方应当以中标通知书价格为基准(扣减甩项项目，增加新增项目)，则结算价为2076503元。A房地产公司向县人民法院提起诉讼，B施工企业向C仲裁委员会申请仲裁。
[问题] 双方应当如何进行结算，为什么
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