夫妻公积金扣款顺序主要得看夫妻哪一方是主贷人，哪一方是共同借款人，因为扣款是从主贷人开始的，然后才轮到共同借款人。
详细来说，夫妻公积金的扣款顺序是：先主贷人住房公积金账户余额，再到主贷人补充住房公积金账户余额，然后到共同借款人住房公积金账户余额，最后到共同借款人补充住房公积金账户余额。也就是说，如果你是申请公积金贷款的主贷人，而你的配偶是共同借款人的话，公积金扣款顺序就是先扣除你公积金账户里的余额，再去扣除你配偶公积金账户里的余额。
夫妻共同办理公积金贷款的相关规定为：
1、夫妻一方贷款购房可以通过增加配偶登记来共同办理还贷提取。
2、一般来说，公积金(组合)贷款自动还款的顺序为：职工按月住房补贴、职工补充公积金、配偶按月住房补贴、配偶补充公积金、职工住房公积金、配偶住房公积金。
3、公积金账户余额不能冲抵贷款首付。
4、公积金(组合)贷款不能办理一次性提取，只能办理住房还贷提取。
5、如未办理委托提取，可以每月还款后提取相应的公积金余额。
6、公积金(组合)贷款可以提取至贷款结清当月前(含当月)的余额;
7、按揭贷款可以申请提取至借款合同约定的贷款到期当月之前(含当月)的住房公积金金额，且合计不超过已偿还的贷款本息。
