1、房产证性质不同
大产权房的房产证是由国家颁发的，购房合同在国土房管局备案。小产权房的房产证是乡政府或者村政府颁发的，这类房产没有国家颁发的土地使用证和预售许可证，购房合同不再国土房管局备案。因此房产证的性质不同。
2、是否受法律保护
法律承认并保护大产权房，法律并不承认小产权房。因此小产权房在遇到房产纠纷的时候，房住维权的难度会加大。大产权房在国家房管局备案，发生法律纠纷的时候，解决的难度相对较小。
3、是否有转卖限制
长期关注房地产市场的购房者都知道，当下的房价很高。很多购房者买房都是先买一套小一点的房产，等到日后有经济能力了再进行房产置换。买房一定要关心房产是否有转卖限制。
大产权房在转卖方面没有限制，可以自由转卖。而小产权房则只能在村集体成员之间进行转让或者出售，不能和村集体之外的第三人进行交易。
