可以向项目所在地或者被告所在地人民法院起诉。主管法院应该是区县人民法院。
拖欠工程款属于民事纠纷，清债办只负责农民工工资，所以应当在应付工程款之日起两年内向法院起诉。可以凭借欠条直接起诉施工单位，但要尽量提供施工合同和竣工结算文件。
起诉时尽量申请财产保全，查封被告名下的账户，可以保证案件判决的顺利执行。
法律依据:《劳动合同法》第三十条。
用人单位应当按照劳动合同和国家规定，按时足额向劳动者支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法签发支付令。
