单位收回工程款的注意事项包括:
1、注重诉讼主体资格的证据；
2.收集证明建设工程合同关系成立的证据；
3.注意收集能够证明施工合同履行情况的证据；
4.建设单位拖欠工程款的，建设单位可以根据施工合同要求对方承担违约金。如果合同中没有违约金条款，可以要求对方支付一定金额的滞纳金利息。
法律依据:
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干问题的解释》第二十条规定:
双方约定，发包人收到竣工结算文件后未在约定期限内答复的，视为认可竣工结算文件，按约定办理。承包人要求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。
