A合同协议书
B履约担保
C预付款担保
D已标价工程量清单
E施工组织设计
正确答案 A,B,C
答案解析 根据《水利水电工程标准施工招标文件》(2009年版):合同条款及格式包括通用合同条款、专用合同条款和合同附件格式等内容。通用合同条款须全文引用。专用合同条款对应于通用合同条款,提供了编制格式,由招标人根据招标项目具体特点和实际需要编制。合同附件格式,包括合同协议书、履约担保、预付款担保等三个格式文件,供招标人根据招标项目具体特点和实际需要参考使用。故本题应选ABC。

A合同协议书
B履约担保
C预付款担保
D已标价工程量清单
E施工组织设计