【正确答案：A】
逐项分析如下：在建工程损失26万元的经济损失应补偿给承包人(不可抗力造成工程本身的损失，由发包人承担)；承包人为受伤人员支付的医药费补偿费4.5万元的经济损失不应补偿给承包人(不可抗力造成承发包双方的人员伤亡，分别各自承担)；施工机具损坏损失12万元的经济损失不应补偿给承包人(不可抗力造成施工机械设备损坏，由承包人承担)；施工机具闲置施工人员窝工损失5.6万元的经济损失不应补偿给承包人(不可抗力造成承包人机械设备的停工损失，由承包人承担)；工程清理修复费用3.5万元的经济损失应补偿给承包人(不可抗力造成工程所需清理修复费用，由发包人承担)。因此，项目监理机构应批准的补偿金额：26+3.5 = 29.5万元。故选项A正确。
