甲企业从银行贷款100万元，约定利息为10%发放贷款时，银行先将利息扣除，发放给甲企业贷款90万元

【正确答案：B】

本题考查的是借款合同。根据《合同法》，贷款人不得利用自身优势地位预先在出借的本金中扣除利息，否则应返还差额并计算利息。

甲企业实际取得90万元的借款，那么按规定，其借款本金为90万元，甲企业只需在借款期限届满时向银行返还本金90万元并支付按照90万元本金计算的利息，90×10%=9万元。通过最后的计算，甲企业归还银行本金是90万元，利息是9万元，本息总共是99元。