【正确答案:D】
依据《职业病防治法》第81条的规定,从事职业病诊断的医疗卫生机构出具虚假证明文件的,由安全生产监督管理部门和卫生行政部门依据职责分工责令立即停止违法行为,给予警告,没收违法所得;违法所得5000元以上的,并处违法所得2倍以上5倍以下的罚款。所以相关部门应该没收该医疗卫生机构的违法所得,并处以1.2万元以上3万元以下的罚款。

【正确答案:D】
依据《职业病防治法》第81条的规定,从事职业病诊断的医疗卫生机构出具虚假证明文件的,由安全生产监督管理部门和卫生行政部门依据职责分工责令立即停止违法行为,给予警告,没收违法所得;违法所得5000元以上的,并处违法所得2倍以上5倍以下的罚款。所以相关部门应该没收该医疗卫生机构的违法所得,并处以1.2万元以上3万元以下的罚款。