【正确答案:C】
《招标投标法》第四十六条规定,招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内,按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质内容的其他协议。甲乙双方自中标后签订了书面合同A,并经过相关部门备案,但是双方另外又签订了与备案合同实质内容相背离的B合同,这种变更约定是对原合同的实质性变更,背离了原合同的实质内容,这种做法明显违反了《招标投标法》的规定,是无效的约定。

【正确答案:C】
《招标投标法》第四十六条规定,招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内,按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质内容的其他协议。甲乙双方自中标后签订了书面合同A,并经过相关部门备案,但是双方另外又签订了与备案合同实质内容相背离的B合同,这种变更约定是对原合同的实质性变更,背离了原合同的实质内容,这种做法明显违反了《招标投标法》的规定,是无效的约定。