根据《水利水电工程标准施工招标文件》（2009年版），合同中有如下内容：①中标通知书；②专用合同条款

【正确答案：D】

本题考查的是施工合同文件的构成。根据《水利水电工程标准施工招标文件》（2009年版），合同文件指组成合同的各项文件，包括：协议书、中标通知书、投标函及投标函附录、专用合同条款、通用合同条款、技术标准和要求（合同技术条款）、图纸、已标价工程量清单、经合同双方确认进入合同的其他文件。上述次序也是解释合同的优先顺序。故本题的答案为D。