原始生命诞生以后，细胞起源及其发展的一般过程，大体上可以划分为以下三个主要阶段：
1.原始生命到原始细胞的阶段。原始生命体具有一个原始界膜，它能自成体系地生活于原始海洋中。这种界膜的物质交换机制主要是依靠渗透作用，因此其选择性和稳定性较差。嵌有蛋白质的类脂双层膜结构的出现，使其具有了选择透过功能，保证了有机体与环境间物质和能量的交换，形成了原始的细胞膜；原始的细胞膜内，遗传系统逐渐完善，较多种类的酶也产生出来，代谢效率得以逐渐加强。原始细胞膜的形成标志着原始细胞的诞生。
2.原始细胞到前原核细胞的阶段。原始细胞的细胞质内不同的酶系逐渐集中于一定的区域内，使细胞的代谢系统趋向于有序化；DNA大分子逐渐进化形成原始的染色质体，相对集中于细胞中央区，进一步形成细胞的控制中心──拟核，这意味着细胞控制能力即有序化和组织化程度进一步加强。此时期所形成的细胞以前细菌和前蓝藻为代表。
3.前原核细胞到真核细胞的阶段。起初的前原核生物是在厌氧、异养的条件下生活的，随原始海洋中有机物的消耗，前原核细胞内产生了可以利用日光进行光合作用的细胞色素c，光合作用使大气中氧的浓度不断增加，生物经变异产生的有氧呼吸类生物能量利用效率高，在生存斗争中有优势，得以生存和发展，好氧细胞形成。后来细胞内分化出各种细胞器，形成了由核膜围成的细胞核，核内形成了核仁以及由DNA与组蛋白结合而成的染色体等结构，逐渐演化成现代的真核生物细胞。
真核细胞的出现，在生物进化史上有着极为重要的意义：
1.奠定了有性生殖产生的基础。真核细胞进行有丝分裂，而有性生殖的重要特征──减数分裂，实质上是有丝分裂的一种特殊形式。有性生殖的出现，加强了物种的变异性，因而大大推进了进化的速度。
2.推动了动、植物的分化。与原核细胞相比，真核细胞的结构、功能复杂化，从而增强了生物的变异性，导致了真核细胞种类的分化，从而出现了动植物的分化，使生物体型向高级的方向发展。
3.促进了三极生态系统的形成。在原核生物时代，地球上只有以异养的细菌和自养的蓝藻组成的一个二极生态系统。随着真核生物的产生和动植物的分化发展，才出现了由动物、植物和菌类所组成的三极生态系统，使生物进化的水平进入到一个新的阶段。
