隐生宙（Cryptozoic Eon）占有地球历史的绝大部分时期，留下的化石却非常稀少。这一时期的早期，生物尚未发生，其后是一段细菌，蓝藻等原核生物占据地球的时期，后期则有一些低等真核生物出现。隐生宙可划分成太古代和元古代两个时期。
太古代（Archaeozoic Era）是最古老的一个地质年代，开始于地球形成以后，结束于大约24亿年以前。虽然晚期有细菌，蓝藻等原核生物出现，但那形成时的岩石在漫长的时期内经过了深度的变质，因此保留下来的可靠的化石非常少。有人把太古代早期岩石还没有形成的时期单划分成冥古代，时间大约是38亿年以前。
元古代（Proterozoic Era）开始于大约24亿年以前，结束于大约5.7亿年以前的“生命大爆炸”，这时细菌和蓝藻开始繁盛，后来又出现了红藻，绿藻等真核藻类。藻类在生长过程中粘附海水中的沉积物颗粒形成层纹状结构物，称作叠层石，叠层石是地球上最早的生物礁，出现于太古代而在元古代达到全盛。元古代结束前出现了一些低等无脊椎动物。
元古代晚期在我国被称为震旦纪（Sinian Period），时间为大约从19亿年以前到元古代结束，震旦是古代印度对我国的称呼。这个时期的地层最先在我国调查研究。最著名的震旦纪地质剖面位于天津市的蓟县，现在已经建立了自然保护区。
