1885年10月13日，清政府设立海军衙门。
“海军衙门”是“总理海军事务衙门”的简称，是清政府管理全国海军的机构。清朝原有旧式水师，而无近代化海军。两次鸦片战争外敌均从海上打来。所以从60年代起，编练海军和筹建海防，就成为洋务运动的又一重要内容。
1875年6月，由两江总督沈葆祯、直隶总督李鸿章等倡议，经总理衙门批准，调拨粤海关、江海关等税银，江浙等省厘金，每年400万两分别解往南洋、北洋，筹办海军，到1884年，清政府建立起北洋水师（有军舰15艘）、南洋水师（有舰17艘）和福建水师（有舰11艘）。三者各归节制，互不统辖。
10月13日，清政府以“水师不如人”为辞，开脱马尾海战失败的罪责，宣布“以大治水师为主”，成立海军衙门，统一海军指挥权，总管海军、海防事宜。以醇亲王为总理，李鸿章等为会办。但实权操于李氏手中。以后花了数以千万两计的巨款，采购外国军舰、大炮，建设旅顺、威海卫军港，聘请外国教官。
1888年，建成北洋舰队。李鸿章吹嘘北洋舰队“就渤海门口户而论，已有深固不摇之势”。但甲午战争中，北洋海军覆没，宣告了30多年的洋务运动的破产，而海军衙门也于1895年3月裁撤。
