中国海军舰船于1988年3月13日到南沙群岛的九章群礁海域对部分岛礁进行考察，并组织人员登上赤瓜礁建立观察点。
14日上午6时，越南海军的两艘运输船和一艘登陆舰来到赤瓜礁海域，派出43名武装人员强行登上赤瓜礁。越南登礁人员不顾中国海军要他们离礁的喊话，首先向礁上考察的中国海军人员开枪。
与此同时，越南军舰也一齐向礁上和停泊在附近海面的中国海军舰船射击和开炮。中国海军被迫进行自卫还击。击沉越军运输船一艘，另一艘运输船和登陆舰被击成重伤，中国海军采取了克制的态度未再追击。
这次自卫还击战打击了越南侵占南沙群岛的企图。
中国外交部当天强烈抗议越南武装舰船侵入中国南沙群岛海域，袭击中国船只。中国外交部向越南驻中国大使馆送交了一份抗议照会。这份照会指出，“1988年3月14日，非法侵入中国南沙群岛海域的越方武装舰船悍然向正在南沙群岛赤瓜礁海域进行正常考察作业和巡逻的中国船只发起武装袭击，中国船只被迫进行自卫还击。”
照会指出，“越南当局无视中国政府的多次严正声明，继续派兵侵占中国南沙群岛的一些岛礁，现越南舰船又首先向中国船只进行军事挑衅，蓄意在这一海域制造紧张局势。中国政府对此表示极大的愤慨和强烈抗议。”
照会严正指出，“越南当局必须立即停止在南沙群岛海域对中国的武装挑衅，从侵占的中国岛礁及其附近海域撤走，否则，它必须对由此引起的一切后果承担全部责任。”
