1917年9月1日，国会非常会议举行大元帅选举会，孙中山以84票当选为大元帅。
翌日选举元帅，唐继尧、陆荣廷当眩余一名元帅预定为程壁光，但程表示不愿居此名义。同日下午，众议院议长吴景濂及国会议员数十人，乘舰至黄埔，举行大元帅授印仪式。
孙中山致答词说，“文以不德，忝为共和先导。民国成立，六年于兹，而枭雄畔换，频烦不已，文不能救，自念无以对我邦人兄弟。今者叛督倡乱，权奸窃柄，国会解散，元首迁废。此诚勇夫志士发愤倡义之时也。而迁延数月，大兵未举，政府未立，内无以攘寇乱，外不足以示友邦。文以国会诸君不释之故，不得不统摄军政。任职以后，唯当竭股肱之力，攘除奸凶，恢复《约法》，以竟元年未尽之责，雪数岁无功之耻。责任在躬，不敢有贰，诸所举措，亦唯国会诸君实匡逮之。”
10日，孙中山在广州就任海陆军大无帅，正式另立政府以与北京政府对抗。
他发表就职宣言表示：“艰难之际，不敢以谦让自洁，即于六年九月十日就职。冀二三君子同德协力，共赴大义。文虽驽钝，犹当荷戈援枪，为士卒先，与天下共击破坏共和者！”
