捻军是活跃在北方革命武装的主力。1864年天京陷落后，捻军和原先进入西北的太平军，共推赖文光为领袖，在黄淮平原展开武装斗争。1866年秋，捻军在河南许州（今许昌市）分为东西两支，东捻军赖文光率领，留在中原地区活动；西捻军张宗禹率领，挺进西北。
19世纪50-70年代，西南、西北各少数民族也纷纷举行武装起义，反抗清政府的黑暗统治。1855年，张秀眉发动贵州苗民起义。1856年，彝族农民李文学在太平军战士王泰阶（汉族）、李学东（彝族）的帮助下，发动武装起义。
1856年，云南各地回民纷纷起义，其中以杜文秀领导的一支起义军势力最大。杜文秀在大理建立政权，拥护太平天国，主张汉回一体，共同推翻清王朝。
1862年，陕西回民举行起义，反对清政府的民族压迫，起义军建立了18大营，在任武等人的领导下，占领了渭水两岸的广大地区，进逼省城西安。
同年，甘肃回民在平凉起义，很快蔓延全省，占领了灵州（今宁夏回族自治区灵武县）、河州、西宁等地。清政府在西北的统治摇摇欲坠。
