清太祖努尔哈齐晚年，曾沿用过去时代的遗制，将八固山（八旗）作为家族的私产，在亲近子侄中分配。领旗的旗主（和硕贝勒）享有在经济、政治上均等的特权。
清太宗皇太极即位以后，为强化自己的统治地位，在八旗增设管旗大臣，由大臣牵制八旗诸王，又陆续削夺阿敏、莽古尔泰两大旗主，直接统辖正黄旗、镶黄旗、正蓝旗，但其余各旗仍分别由和硕亲王执掌。
1644年（顺治元年），世祖福临冲龄即位，叔父多尔衮以旗主身份摄政，实际秉执国家的较高统治权。他与阿济格、多铎是同母所生的兄弟，原领有实力雄厚的两白旗，1648年，多尔衮加豪格（皇太极长子）以“徇隐部将冒功”的莫须有罪名，将其瘐死狱中，乘机将隶属皇太极一家的正蓝旗夺为已有。多尔衮兄弟实领两白一蓝三旗，威权自专，形成对皇权的巨大压力。
1650年（顺治七年），多尔衮病死，世祖亲政，时年14岁，倚恃堂叔济尔哈朗，对多尔衮一系展开反击。1651年（顺治八年），迫令多尔衮亲兄阿济格自缢（此前，多铎已病死），追论多尔衮悖逆之罪，下诏迫削封爵，又兴起大狱，处死多尔衮一系亲近贵族重臣数十人。世祖通过这些努力，沉重打击宗室强藩，巩固了皇权。
世祖在原先领有两黄旗的基础上，把原先隶属多尔衮的正白旗划归己有，成为新上三旗（原正蓝旗换出）。从此，正式形成上三旗与下五旗的体制。上三旗为“天子自将”，归皇帝自领，地位高贵，人多势众，构成八旗的核心；下五旗成为诸王、贝勒、贝子等宗室贵族的分封之地。上三旗与下五旗的分治，是八旗制度的一次重大变革，是以皇权为代表的专制主义中央集权进一步加强的明显标志。
1662年（康熙元年），圣祖玄烨即位以后，陆续分封诸兄弟子侄为下五旗王公，与原有本旗王公共同管辖每一旗人丁，于是一旗有王公数人，不再存在一个旗主专擅一旗的局面。
1679年（康熙十八年）确定王公府属官员名额，并规定王公府属佐领下人在各王公门上行走，至于各王公名义上领有的旗分佐领（下五旗佐领）则归各旗都统管理。都统“掌宣布教养、整诸戎兵，以治旗人”。直接承受皇帝令旨，各旗王公从此无权干预旗务。
上三旗下五旗制度，造成了正身旗人社会地位事实上的差别。
上三旗守卫皇城，挑取侍卫，皇帝外出时担任扈从，是皇帝最依重的亲军。下五旗除守卫京城外，被大批派往各地驻防戍卫。圣祖冲龄即位时，以索尼（正黄旗）、苏克萨哈（正白旗）、遏必隆、鳌拜（镶黄旗）为四辅政大臣，均出身上三旗，说明上三旗人在参预政治方面也享有优势。
为了破除上三旗下五旗人的轸域隔阂，鼓励下五旗人为皇帝建功立业，特别建立了“抬旗”制度。“抬”意即由下往上升。由“满洲下五旗，抬入上三旗者，谓之抬旗”。其本支子孙准一同抬旗，同胞兄弟仍隶原旗。皇太后、太后母家在下五旗的均准予抬旗。
以后，抬旗方式多样化，上三旗的汉军可以抬人同一旗分的满洲旗。圣祖生母孝康皇后一家，佟佳氏，原隶镶黄旗汉军，后抬入镶黄旗满洲，后族抬旗自此始。另外，包衣旗人可以拔出内务府抬入满洲旗。不同形式的“抬旗”，成为清代满、蒙、汉军旗人间、上三旗人与下五旗人中、正身旗人与非正身旗人间成分流通的一种特殊途径。
