1945年8月15日日本宣布投降。8月17日，民族独立运动领导人苏加诺、哈达签署了《独立宣言》，宣布印度尼西亚独立，成立共和国。印尼开始了八月革命。第二天，印尼各政党、社团领导人召开了“印度尼西亚独立筹备委员会”，通过了共和国宪法，选举苏加诺、哈达为正副总统。
然而，英军以接受日军投降为名，在爪哇登陆，随即占领了雅加达、万隆等城市。在英国的支持下，10月初，流亡澳大利亚的荷印殖民政府重返印尼；原被日军关押在集中营的荷印殖民军获释后，组成了“荷印联军”，他们与从欧洲开来的荷军一起，力图恢复殖民统治。在印尼人民的坚决抗击和世界舆论的谴责下，英军1946年底撤出印尼，将其占领区交给了荷兰殖民当局。
荷兰殖民者为了迫使印尼政府屈服，1947年7月发动了第一次殖民战争。印尼人民奋起反抗。美国利用联合国插手荷印冲突。在美国等国的斡旋下，1948年印尼同荷兰于停泊在雅加达的美国运输舰上签订了《伦维尔协定》。协定规定，双方就地停火；在荷占区的一些地方举行公民投票，以确定是回归印尼共和国，还是直接参加印尼联邦；在印尼联邦成立之前，荷兰在印尼继续行使主权。这样，印尼最富庶的地区，包括爪哇岛的大部分、苏门答腊的一部分和马都拉的全部都被荷兰殖民者占领。1948年12月，荷兰殖民者又发动了第二次殖民战争，并攻占了印尼共和国临时首都日惹。苏加诺、哈达等政府领导人被俘。但是，印尼人民并没有屈服，他们组织游击队，英勇抗击荷兰殖民军。由于战争旷日持久，荷军伤亡和军费开支与日俱增。美国乘荷兰处境日益困难之机，通过联合国安理会向荷兰施加压力。1949年5月，荷兰印尼签订停战协定。11月又签订了《圆桌会议协定》，规定：印尼共和国与荷兰在印尼建立的15个傀儡邦组成“印度尼西亚联邦共和国”，后者再同荷兰、荷属苏里南和库拉索共同组成以荷兰女王为元首的“荷兰—印度尼西亚联邦”；荷兰应将主权交给“印度尼西亚联邦共和国”，但保留了军事、外交、经济方面的许多特权。
《圆桌会议协定》签订后，荷军从印尼撤走。1949年12月，印度尼西亚联邦共和国成立，苏加诺任总统，哈达任总理。同月，荷兰向它移交“主权”。印尼人民反对和抵制保留荷兰特权的联邦制，要求取消各傀儡邦。1950年8月15日，苏加诺宣布成立统一的印尼共和国。后来，经过谈判斗争，印尼与荷兰达成解散荷兰—印尼联邦的协议。1956年4月，印尼国会通过决议，宣布全部废除《圆桌会议协定》。1963年5月，印尼收回了荷兰占据的西伊里安，实现了国家的统一和领土完整。
