土内空气少;种子萌发初期还不具备与有氧呼吸相配套的一系列器官，如成体的气孔(进出氧气和二氧化碳)。从另一方面来说，其中种子本身也仅仅是一个器官，当它独立开来时自然无法进行有氧呼吸了。
种子发芽的条件
种子的萌发，除了种子本身要具有健全的发芽力以及解除休眠期以外，也需要一定的环境条件，主要是充足的水分、适宜的温度和足够的氧气。
干燥的种子含水量少，一般仅占种子总重量的5%～10%，这样的条件使一切生理活动都很微弱。只有吸足水盆，使种皮膨胀、软化，氧气才容易透入，呼吸才能增强。各种生理活动才会大大加强;只有吸足水分，种子内贮藏的营养物质溶解于水并经过酶的分解后才能转运到胚，供胚吸收利用。
种子萌发时，包括胚乳或子叶内有机养料的分解，以及由有机和无机物质同化为生命的原生质，都是在各种酶的催化作用下进行的。而酶的作用需要有一定的温度才能进行，所以温度也就成了种子萌发的必要条件之一。
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