朱棣起兵前，谋士姚广孝对他说：“朝中有个叫方孝孺的，学问很高，而且很有德操，将来殿下夺取天下，他一定不肯归附，不过殿下千万不要杀他，杀了他，天下读书人的种子就灭绝了。”
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朱棣颔首答应。朱棣占领南京后，方孝孺果然不肯归附，朱棣于是将其投入狱中。几天后，朱棣准备正式登基，让方孝孺为他拟写登基的文告，方孝孺坚决不从，朱棣派方孝孺的学生廖镛、廖铭二人前去劝说，反遭一顿痛斥。
无奈之下，朱棣只好派人强行押解方孝孺上殿。方孝孺当时穿着一身斩衰(古代的一种丧服，按生者和死者关系，丧服分为五等，斩衰最重)，在大殿上嚎啕不已。
朱棣命卫士强行撕去方孝孺的丧服，换上朝服，之后强压怒火，亲自劝解方孝孺说：“先生不要难过了!朕本来是要效法周公辅佐成王的。”方孝孺立即反问道：“成王在哪里?”
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朱棣说：“他自焚死了。”方孝孺又问：“为什么不立成王的儿子即位?”朱棣说：“国家要依赖年长的君主来治理。”方孝孺再问：“那为什么不立成王的弟弟为帝?”朱棣语塞，只好说：“这是朕的家事，先生不必过多操劳。”
朱棣让左右将纸笔递给方孝孺，说：“诏天下草，非先生不可。”方孝孺接过纸笔，挥毫写下“燕贼篡位”四个大字，然后把笔一扔，大声道：“死即死，诏不可草。”
朱棣见方孝孺不合作，便以诛九族相威胁，方孝孺愤然道：“便十族又如何!”
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朱棣大怒，命人将方孝孺的嘴豁开，从嘴角一直割到耳朵。方孝孺满脸是血，仍旧痛骂不绝。朱棣厉声道：“岂能让你如此痛快地死，当灭你十族!”方孝孺十族共被杀八百七十三人，都是当着方孝孺的面杀的，每杀一人，监斩官都要问他是否回心转意，方孝孺强忍悲痛，始终不肯屈服。
