刘裕掌控朝廷，荆州刺史刘毅忌妒，意图举兵。412年刘裕抢先讨伐之，刘毅兵败自杀。谯蜀为东晋叛将谯纵所建。在405年时，益州刺史毛璩率军讨伐江陵桓振，蜀军不愿远征，便推谯纵为主叛晋。
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随后攻陷成都，杀死毛璩，谯纵也自号成都王。408年晋廷派刘敬宜率军讨伐但失败。413年刘裕派西陵太守朱龄石率军西伐，攻占成都。谯纵败退自杀，谯蜀亡。
卢循为孙恩继承人，桓玄为安抚之任为永嘉太守，但他仍不断袭扰沿海。404年卢循由海路攻占广州，隔年晋廷为安抚而命他为广州刺史。410年卢循趁刘裕北伐南燕之机，与其姐夫徐道覆分二路北伐，合溃刘毅于桑洛州(今江西九江市)，乘势攻入京师建康，史称卢偱之乱。
此时刘裕已赶回，卢循和徐道覆发生内讧，卢循久攻京师不破，撤守寻阳。10月徐道覆进攻江陵，为守将刘道规所败。12月卢循败于晋军，退守广州。411年刘裕派兵击杀徐道覆。卢循最后于交州被交州刺史杜慧度歼灭，投水自杀，至此乱事平定。
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刘裕消灭若干异己后，为了名正言顺称帝，先后发动两次北伐。当时南燕慕容超屡屡入侵，409年刘裕率军伐南燕。于次年攻破南燕都城广固，擒杀慕容超，南燕亡。
而后因卢循叛乱，刘裕回师。后秦因为屡遭夏主赫连勃勃入侵，国势大衰，幼主姚泓初立。416年12月刘裕再度北伐，连克许昌、洛阳。隔年刘裕兵分两路围攻关中，最后攻破长安，后秦亡。
但于该年冬天，留守京师的刘穆之突然去世，为免朝廷生变，刘裕不得不亲返。他命其幼子刘义真同王镇恶、沈田子等诸将防守长安，后来诸将内哄，夏主赫连勃勃率军攻击。
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417年冬刘裕命刘义真等将领率军东归，遭夏军追击，元气大伤，至此北伐结束。关中失守后，刘裕开始积极谋取帝位。同年刘裕杀晋安帝，立其弟德文，为晋恭帝。
420年刘裕废晋恭帝自立，建国宋，史称南朝宋，是为宋武帝，东晋至此灭亡。439年北魏统一华北后，至此进入南北朝时期。
