徐辉祖和明成祖朱棣还有一个亲戚关系，这个人就是朱棣的燕王妃，也就是日后的仁孝徐皇后。这位徐皇后就是徐辉祖的姐姐了，但是关于二人是否一母同胞还有待商榷。
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在历史中并没有明确的记载，徐辉祖和徐皇后是不是一母同胞的，但是却可以根据历史的记载做出一些合理的推断。徐皇后和徐辉祖是同一年死的，也就是永乐五年，根据记载徐祖辉当时是四十岁，而徐皇后是四十六岁，也就是说徐皇后比徐祖辉大。
另一方面徐祖辉的母亲应该是谢再兴的次女，朱文正的妻妹。当时谢氏嫁给徐辉祖的父亲徐达的时候，已经有这个女儿了，所以再次可以断定徐皇后是比徐辉祖年纪大。民间又传言说，徐达的糟糠之妻因为乱说话而被处死了，这个糟糠之妻可能就是徐皇后的生母。
而且根据日后徐辉祖和朱棣分道扬镳的情况来看，似乎徐辉祖和徐皇后两个人关系本来就不好。但是徐辉祖触怒了朱棣最后却没有被杀，这里面很大一部分原因就应该是碍于徐皇后和徐辉祖的关系。而且徐辉祖的父亲徐达是朱元璋最为信任的人之一，徐达二十二岁就跟着朱元璋打天下，是明朝的开国功臣，朱棣不可能不顾徐达的面子，不顾自己的老父亲的面子。
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而对于徐辉祖和徐皇后，二人可能并没有过多的交集，武皇后在洪武九年也就是1376年的时候就被封为了燕王妃，嫁给了朱棣，当时徐辉祖也不过才八岁罢了。
徐辉祖的免死铁券
徐辉祖之所以最后会被朱棣给囚禁起来，主要的原因还是因为他的那块“免死铁券”。当时朱元璋为了表彰有功之臣，特发给了每个有功之臣一块“免死铁券”。
“免死铁券”可以说是明朝皇帝对于臣子最大的赏赐了，因为它真的可以免死。根据朱元璋自己的话说就是“除谋逆不宥，其余若犯死罪，尔免三死，子免二死，以报尔功。”作为明朝的开国功臣之一的徐达自然也有一份，当然徐达死后铁券就到了嫡长子徐辉祖的手中了。
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朱棣进入南京之后，所有的人都去迎接他，对他三拜九叩俯首称臣，只有徐辉祖不去。徐祖辉一个人坐在了自己父亲徐达的祠堂里。徐达是谁，是朱棣的老丈人、明朝的开国功臣、中山王，朱棣能怎么办。朱棣其实早就想把徐辉祖给办了，无奈徐辉祖有一块“免死铁券”，那个可是朱元璋赏的，朱棣要是杀了徐辉祖，不是忤逆了父亲，本来就是抢来的皇位，要是再加上一个不孝敬先父的罪名，朱棣的皇位也是坐不稳了。
于是朱棣打算让徐辉祖自己把自己的罪名给写下来，徐辉祖于是就把“免死铁券”上面的字给抄了下来。朱棣一看大发雷霆，又不能杀了他，所以只能把他给囚禁了起来。到了永乐五年的时候，徐辉祖也就病死了。
