民间有传说，早年这里有“异气”。
在朱棣建塔前，这里曾有阿育王佛塔。崇佛的梁武帝萧衍，于大同八年(公元543年)对塔作了改造，复建长干寺，易名长干塔。宋天禧年间，又改为天禧寺，后建圣感塔。元至元年间，再改为天禧慈恩旌忠寺，元末塔毁。梁武帝为什么要复建长干寺?其在《幸阿育王赦诏》中称，时出现了异常天象，“月犯五车，老人星见”。
在塔建好后，顿现祥光。有诗“长干塔”称：“十丈祥光起相轮，铁浮屠镇法王坟;只愁西域神僧至，夜捧长干刹入云。”阿育王即铁轮王，传说曾于一日一夜间，役鬼神造了八万四千塔，此塔即是其中之一。此塔在梁武帝改造前，曾经多次重建。但自塔成后，这里就出现异气，成为佛门宝地。
顺便交代一下，2008年8月，因南京重建大报恩寺塔，“长干塔”的地宫被当作大报恩寺地宫而意外被发现，出土了一只高达1.3米的大铁函。铁函内发现了一座金光闪闪的鎏金七宝阿育王塔的塔刹部分。朱棣把报恩寺塔选择在此，是否是这种考虑呢?这里也有一个传说，朱棣“靖难起兵”前曾向马皇后发誓，如果当上皇帝后，便建一寺塔报答。在兵渡长江时，江中忽然涌出一座宝塔，朱棣一惊，忽然想起了起事前的誓言。
在当了皇帝后第二天，出现了一起怪事，天禧寺突然发生了一场大火灾。有人报信给朱棣，朱棣听说后让人不要救火，结果大火把寺烧得一干二净。火灭后，朱棣命人把寺址上所有的灰烬杂物全部铲净，扔到长江里，在原址重新建寺建塔——此即大报恩寺和大报恩寺塔。从朱棣亲自拟就的《御制大报恩寺左碑》看，朱棣的想法里还是考虑到这里“佛缘”的。“辉焕一新，重造浮图，高壮坚丽，度越前代，更名为‘大报恩寺’，所以祇灵迎贶，上资福于皇考皇妣……”
此后，大报恩寺塔也是异象不断。如明孝宗朱祐樘去世后，17岁的朱厚照当了皇帝。朱厚照当皇帝头一年(公元1506年)，多年平安无事的大报恩寺塔出问题了，让雷击坏了。时朝臣建议立即予以大修，但此建议遭到反对，有人认为这是不祥征兆，有警告新皇帝的天意。《明史·曾鉴传》(卷185)记载了此事：“正德元年，雷震南京报恩寺塔，守备中官傅容请修之。鉴言天心示儆，不宜重兴土木以劳民力，乃止。”
