努尔哈赤一生先后娶嫔妃十六人。其中的几个颇有故事。
叶赫纳喇氏孟古姐妹二人，是海西女真叶赫贝勒杨吉的女儿。当年，努尔哈赤在建州起兵时，叶赫贝勒杨吉对努尔哈赤颇有好感，说："我有个小女儿，等她长大了一定要许配给你。"努尔哈赤问道："欲结盟好，我可以迎娶您的大女儿呀，何必要等着小的呢？"杨吉说："我的小女儿仪容端重，举止不凡，他许配你最合适。"努尔哈赤听后满意地点头称是。这个小女儿就是孟古姐姐。后来当其父被辽东总兵李成染所杀，其兄便携其投靠了努尔哈赤。
努尔哈赤欲统一女真时，叶赫部大为反感，亲家之间越发不悦。此时，孟古姐姐病危，思念母亲。努尔哈赤派人去请却遭到拒绝。不久，孟古带着深深的遗憾死去了。她生了一个优秀的儿子，那就是后来的大清皇帝皇太极。因为有了他，她才在死后获得了许多崇高的称号。
继妃富察氏衮代是建州女真莽塞杜诸祜之女，是个身世复杂的女人。她原嫁给努尔哈赤的叔伯哥哥威准为妻，威准死后即改嫁努尔哈赤为妾。嫁过来的衮代和努尔哈赤非常恩爱，据史载，明万历二十一年，叶赫等九部联军攻打建州，衮代见努尔哈赤侧身酣睡，就劝其早做准备。努尔哈赤当然是胸有成竹，安睡如故，次日破敌。可恩爱招妒，有小人私底下向努尔哈赤打小报告，诬陷衮代，说她和代善关系暖昧，还冒领财物。于是，努尔哈赤以窃藏金帛罪，将其逐出宫门，撵回娘家。
庶妃德因泽，在努尔哈赤的妻妾中排行最末是在努尔哈赤62岁高龄时娶来的。正是她向努尔哈赤被吹枕头风陷害富察氏衮代的。此后，她又以相同的罪名向努尔哈赤情深意笃的大妃阿巴亥下手。所幸的是阿巴亥没有被置于死地，但也伤得不轻。
阿巴亥与努尔哈赤的姻缘，极富戏剧性。明朝末年，海西女真的乌拉部地广人众、兵强马壮，势力尤为强大，与努尔哈赤势不两立。万历二十年，有乌拉部参予其中的九部联军，以三万之众攻打努尔哈赤的根据地赫图阿拉。然而，努尔哈赤以少胜多，奇迹般地取得了胜利。乌拉部首领布占泰被活捉，表示臣服建州。努尔哈赤念其归顺之意，收为额驸，先后把自己的三个女儿嫁给他。布占泰在兵败回归、羽翼未丰的情况下，为了取悦建州，感激努尔哈赤的再生之恩，于万历二十九年将年仅12岁的侄女阿巴亥亲自送到赫图阿拉，嫁给了长她31岁的努尔哈赤。
