五军都督府是自明朝才开始建立的一种制度，是用于管理卫所。
明太祖开始设大都督府，1380年（洪武十三年）改为中、左、右、前、后五军都督府，分别管理在京各卫所和外地各都卫所，另外由兵部掌握军队的训练和调遣。都督府有兵，但不能调遣；兵部有调兵权，但手里无兵，彼此互相牵制.永乐年间在北京设行在五军都督府，后除“行在"二字；在南京的五军都督府，加南京二字，分掌南京卫所。各府长官为左右都督。
包括
中军都督府:掌南直隶.河南都司.中都留守司
左军都督府:掌浙江都司.辽东都司.山东都司
右军都督府:掌陕西都司.陕西行都司.四川都司.四川行都司.广西都司.云南都司.贵州都司
前军都督府:掌湖广都司.兴都留守司.福建都司.福建行都司.广东都司.江西都司
后军都督府:掌北直隶.大宁都司.万全都司.山西都司.山西行都司
