contig:高通量测序基因组拼接技术指标中的Contig N50和Scaffold N50是什么意思?

1.高通量测序基因组拼接技术指标中的Contig N50和Scaffold N50是什么意思?

Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs。最后一个加上的Contig长度即为Contig N50。Scaffold N50与Contig N50的定义类似。Contigs拼接组装获得一些不同长度的Scaffolds。将所有的Scaffold长度相加，能获得一个Scaffold总长度。然后将所有的Scaffolds按照从长到短进行排序，如获得Scaffold 1，将Scaffold按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Scaffold总长度的一半时，最后一个加上的Scaffold长度即为Scaffold N50。举例：Scaffold 1+Scaffold 2+ Scaffold3 +Scaffold 4 +Scaffold 5=Scaffold总长度*1/2时，Scaffold 5的长度即为Scaffold N50。

2.怎么在contig中把基因抠出来

就是基因组分析测序中的一个概念。把含有STS序列标签位点的基因片段分别测序后，重叠分析就可以得到完整的染色体基因组序列。如图一.你需要把基因组数据做成本地数据库,使用菜单里的create a local nucleotide database file功能建立本地DNA数据库,建库的原始数据需要做成fasta格式的,database文件夹里.然后用另一种菌的基因序列和基因组本地数据库做blastn或者tblastx（图二）,

3.生物信息中的reads contig scaffold N50 是什么意思啊？具体点

contig就是重叠群的意思。就是基因组分析测序中的一个概念。把含有STS序列标签位点的基因片段分别测序后，重叠分析就可以得到完整的染色体基因组序列。分析中的用到的一个概念就是重叠群。物理图谱的制作，基本原理是把庞大的无从下手的DNA先“以Mb、kb、bp作为图距。以DNA探针的STS（sequence tags site）序列为路标，000个序列标签位点(STS),并覆盖人类基因组大部分区域的连续克隆系的物理图谱，构建物理图的一个主要内容是把含有STS对应序列的DNA的克隆片段连接成相互重叠的。片段重叠群（contig）“

4.求问：分子生物学中Contig的含义？

contig就是重叠群的意思。就是基因组分析测序中的一个概念。把含有STS序列标签位点的基因片段分别测序后，重叠分析就可以得到完整的染色体基因组序列。分析中的用到的一个概念就是重叠群。物理图谱的制作，可以更好的理解这个概念：基本原理是把庞大的无从下手的DNA先“敲碎”，再拼接。以Mb、kb、bp作为图距，以DNA探针的STS（sequence tags site）序列为路标。1998 年完成了具有52,000个序列标签位点(STS)，并覆盖人类基因组大部分区域的连续克隆系的物理图谱。构建物理图的一个主要内容是把含有STS对应序列的DNA的克隆片段连接成相互重叠的“片段重叠群（contig）”。用“酵母人工染色体(YAC)作为载体的载有人DNA片段的文库已包含了构建总体覆盖率为100%、具有高度代表性的片段重叠群”，近几年来又发展了可靠性更高的BAC、PAC库或cosmid库等。

5.在序列拼接中，为什么说n50越大，拼接效果越好

n50就是把contig或scaffold从大到小排序，并对其长度进行累加，当累加长度达到基因组序列长度一半时。

6.scaffold在三代测序什么意思

Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs.将所有的Contig长度相加,能获得一个Contig总长度.然后将所有的Contigs按照从长到短进行排序,Contig 4的长度即为Contig N50.ContigN50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准. Scaffold N50：Scaffold N50与Contig N50的定义类似.Contigs拼接组装获得一些不同长度的Scaffolds.将所有的Scaffold长度相加,能获得一个Scaffold总长度.然后将所有的Scaffolds 按照从长到短进行排序,如获得Scaffold 1,Scaffold 3...………Scaffold 25.将Scaffold按照这个顺序依次相加,当相加的长度达到Scaffold总长度的一半时,

7.程序如何获取sql数据库 DBCC showcontig(表名) 的返回结果

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